宜良境内河流属珠江流域西江水系，流经县境的南盘江（境内流长113.1千米）及其支流贾龙河全长43千米（境内流长36千米）、麦田河全长69千米（境内流长22千米）、獐子坝河（主河道全长85千米）、摆依河（全长38.4千米）、巴江（县境流长16.75·58·千米）等径流面积大于100平方千米。天然湖泊阳宗海，南北长12.7千米，东西平均宽2.5千米，环湖线长33.6千米，最大水面31.9平方千米（属宜良县辖区的水面面积为14平方千米），总蓄水量为6.02亿立方米。2001年，下闸蓄水的昆明柴石滩水库坝高101.8米，总蓄水量4.37亿立方米，配套灌溉工程有序推进。柴石滩水库、南盘江、贾龙河、阳宗海同为宜良坝区主要灌溉水源。2011年12月，位于宜良县西北部马街镇西南的贾龙河上游的山区河谷地段的海马箐水库工程开工建设。建成后可年供宜良县城生活用水472.4万立方米，除满足贾龙河流域的2.234万亩农田灌溉外，近期可灌溉原阳宗海灌区耕地1.50万亩，远期灌溉北古城片耕地1.91万亩。2011年10月26日，宜良县大平滩水库工程初设报告在贵阳通过国家烟草专卖局组织的专家评审，获昆明市水务局以昆水复〔2011〕52号文件批复，2012年4月10日，大平滩水库工程正式开工建设。县境内地热水资源丰富，近封闭型地热水资源总量为165.8亿立方米，对流型地下热水资源流量为每天2589立方米，开发前景较好。已开发利用的有：县城匡州、怡矿、天力、郦国等温泉，汤池街道汤池街温泉，匡远街道温泉村、小渡口温泉，狗街镇小马街、玉龙村、毛家营、马军村、谷家营、里营、湾子等温泉，北古城镇贾家村温泉，马街镇西边村温泉。